La historia se ambienta en Japón, donde en el año 2035 se produce un incidente conocido como "Burst" a causa de un proyecto de investigación fallido. Esto engendra una forma de vida artificial fuera de control llamada "Materia", que se ha extendido por toda la garganta de Kurobe. Dos años más tarde Aiko Tachibana, de 15 años, que perdió a su familia en el incidente, descubre algo increíble de Yuya Kanzaki, un nuevo estudiante en su escuela. Un secreto se esconde dentro de su cuerpo, y la respuesta al rompecabezas se encuentra en el "Punto Primario", que fue el centro de la Explosión. Aiko decide infiltrarse en el área restringida por el gobierno, escoltada por un equipo de buzos y con Yuya como su guía.